一、化學消毒
常用的有甲醛（35～40%的甲醛水溶液）、過氧化氫、次氯酸鈉等，其中過氧化氫使用較多，濃度3%，消毒時間0.5小時以上。常用化學消毒劑見下表：
| 消毒劑 | 有效濃度 | 作用時間 |
| 非膜系統(tǒng) | - | - |
| 次氯酸鈉 | 100-200ppm | 30-60min |
| 膜系統(tǒng) | - | - |
| 過氧化氫 | 3-5ppm | 30min |
| 過氧乙酸 | 1.00% | 30min |
| 甲醛 | 0.50% | 30min |
| 異噻唑啉哃 | 50ppm | 120min |
注：如企業(yè)采用化學消毒方法，應當規(guī)定消毒后殘留的化學消毒劑的沖洗方法。
二、臭氧消毒
目前在純化水系統(tǒng)中能連續(xù)去除細菌和病毒的最好方法，但需在使用點前安裝紫外線燈。適用于純化水管道的消毒。
三、紫外線消毒
波長200nm～300nm的紫外線有較強的殺菌能力，在253.7nm的光線效果最好，安裝位置離使用點越近越好，其后安裝除菌級濾器?？膳c熱消毒法或化學消毒法配合使用，有利于過氧化氫和臭氧的降解。
注：紫外燈滅菌的光強隨時間衰減，應當有光強度檢驗或時間記錄儀，以便定期清洗或更換紫外燈管。
四、巴氏消毒（熱力消毒）
純化水系統(tǒng)采用，較少見。一般保持管道系統(tǒng)內(nèi)60～80℃的溫度，30～60分鐘。適用于活性炭過濾器、軟化器和儲存循環(huán)管路。
五、蒸汽消毒
蒸汽消毒水管系統(tǒng)要能用純蒸汽（如121℃，0.2 MPa）滅菌。儲罐/管道須有滅菌、消毒接口，若采用蒸汽滅菌，應當設置足夠的疏水器。適用于耐壓容器和管道。
特別說明
石英砂、活性炭過濾器的沖洗更換、樹脂的再生、濾芯/濾膜（保安過濾器的濾芯、反滲透膜等）、在線滅菌部件的更換等等的保養(yǎng)頻次以部件生產(chǎn)廠商規(guī)定的為依據(jù)，可依據(jù)制水系統(tǒng)的使用頻次和制水量的大小等因素進行維護保養(yǎng)頻次的規(guī)定，并形成驗證文件。
水系統(tǒng)的儲水桶、輸送管道的清洗、消毒或滅菌等清洗消毒操作后，需對制備的工藝用水進行檢驗，驗證清洗消毒的效果，形成清洗、消毒或滅菌有效性的驗證報告。
